10 ปีให้หลังจากเหตุการณ์ที่ดาวนาบู (Naboo) มีเหตุการณ์ไม่สงบเกิดขึ้นในวุมิสภากาแลคติค ดาวระบบสุริยะหลายพันดวงได้แสดงเจตจำนงว่าจะถอนตัวออกจากสาธารณรัฐ (Galactic Republic) ขบวนการแบ่งแยกภายใต้การนำของ เคาท์ ดูกู (Count Dooku) ผู้ลึกลับสร้างความลำบากใจให้กับเหล่าอัศวินเจไดซึ่งมีจำนวนน้อย ในอันที่จะรักษาความสงบและระเบียบของกาแลคซี่

วุฒิสมาชิกแพดเม่ อมิดาล่า (Padme Amidala) อดีตราชินีแห่งดาวนาบู ที่เดินทางกลับมายังสภากาแลคติก ณ คอรัสซังค์ (Coruscant) เพื่อลงคะแนนเสียงในการจัดตั้งกองทัพของสาธารณะรัฐ ได้พบกับเหตุการณ์ลอบสังหาร ทำให้เธอตกอยู่ภายใต้การอารักขาของ อัศวินเจได 2 นายคือ โอบีวัน เคโนบี (Obi-Wan Kenobi) และ อนาคิน สกายวอล์กเกอร์ (Anakin Skywalker)

เมื่อมีการลอบสังหารเธอเกิดขึ้นอีก โอบีวันและอนาคินสามารถจับกุมตัวผู้ลอบสังหารได้แต่ขณะที่กำลังซักถามถึงผู้ที่ว่าจ้าง ผู้ลอบสังหารคนนั้นก็ถูกฆ่าปิดปากโดยนักล่าเงินรางวัลอีกคนหนึ่ง ทำให้โอบีวันต้องแยกไปสืบหาตัวนักล่าเงินรางวัลกับผู้ที่ว่าจ้าง เหลือเพียงอนาคินที่จะต้องปกป้องวุฒิสมาชิกอมิดาล่ากลับสู่ดาวนาบูเพื่อความปลอดภัย และผลจากการใกล้ชิดของทั้งสองนี้เองที่ทำให้เกิดความรักต้องห้ามขึ้น

ด้วยความช่วยเหลือของเพื่อนเก่าเด็กซ์เตอร์ เจ็ตส์เตอร์(Dexter Jettster) รวมทั้งอาจารย์โยดา (Yoda) ทำให้โอบีวันค้นพบระบบดาวคามิโน (Kamino) ซึ่งไม่ปรากฏอยู่บนแผนที่เพราะมีคนลบมันออกจากฐานข้อมูลได้สำเร็จ

เมื่อได้รู้ว่ามีการอ้างสร้างกองทัพโคลนเพื่อสาธารณรัฐโดยอาจารย์เจไดไซโฟร์ ดิแอส ผู้ถูกฆ่าเมื่อ10ปีที่แล้ว ทำให้โอบีวันติดตามนักล่าเงินรางวัลจังโก้ เฟ็ทท์ (Jango Fett) ผู้เป็นต้นแบบของมนุษย์โคลนส์ซึ่งมีการปะทะกับอาจารย์เจไดโอบีวัน เคโนบี และติดตามไปยังดาวจีโอโนซีส (Geonosis) ที่ซึ่งเขาได้พบกับ โรงงานสร้างดรอยด์ และอุปราช ของสหพันธ์พาณิชย์ ผู้อยู่เบื้องหลังการลอบสังหารอมิดาล่า ขณะนั้นอนาคินได้เดินทางไปยังทาร์ทูอินเพื่อช่วยแม่ของเขา แต่พอไปช่วยแม่เขาก็สิ้นใจพอดี โอบีวันได้ส่งข้อความไปให้อนาคินและส่งต่อให้สภาเจได ก่อนที่จะพลาดท่าถูกเคาท์ดูกูจับตัวไว้

หลังจากที่อนาคินได้รับข้อความของโอบีวันแล้วส่งต่อถึงสภาเจได ทำให้เขารีบไปช่วยเหลือแต่ก็ไม่สำเร็จกลับถูกจับไว้อีก และถูกตัดสินประหารชีวิตทั้ง 3 คน

ด้วยเหตุที่วุฒิสภารู้ว่า ขบวนการแบ่งแยกกำลังรวมทัพกับสหพันธ์พาณิชย์เพื่อการรุกราน จึงมีการยกอำนาจฉุกเฉินให้กับสมุหนายกพัลพาทีน (Palpatine) ส่งผลให้เขามีอำนาจสร้างกองทัพที่เกรียงไกร

เหล่าอัศวินเจได พร้อมกับกองทัพโคลนที่ถูกอนุมัติใช้ ภายใต้การนำของโยดา ขณะนั้นอาจารย์เจไดเมซ วินดูพาเจไดกว่า 200 นาย บุกไปช่วยโอบีวัน อนาคิน และ อมิดาล่า ในขณะที่เจไดกำลังเสียท่ากับพวกดรอยด์อยู่ โยดานำกองทัพโคลนมาช่วย ทำให้เจไดรอดตายและสงครามระหว่างพวกดรอยท์และโคลนได้เกิดขึ้นและเจไดที่เหลือก็ลงสนามรบด้วยขบวนการแบ่งแยกต่างๆ เห็นว่ากำลังพ่ายแพ้จึงถอนทัพกลับ เคาท์ดูกูหนีไปยังโรงเก็บยานโอบีวันและอนาคินตามไป อนาคินโดนพลังสายฟ้าฟาดจนสลบเหลือเพียงโอบีวันเพียงคนเดียวจึงต่อสู้ด้วยกระบี่แสงแต่พลาดท่าโดนเคาท์ดูกูเอาดาบจิ้มที่แขนและขา อนาคินฟื้นขึ้นมาและดวลกระบี่แสงจึงโดนเคาท์ดูกูตัดแขนขวาขาดปรมาจารย์โยดามาช่วยดวลพลังกับเคาท์ดูกูไม่แพ้ไม่ชนะกันจึงดวลด้วยกระบี่แสงเคาท์ดูกูหนีไปได้เมื่อได้รับชัยชนะอนาคินและอมิดาลาแต่งงานกันอย่างลับๆ โดยมีแค่ซีทรีพีโอและอาร์ทูดีทูเป็นพยาน